اصطلاح "عدم قطعیت اندازه گیری(MU)" برای نشان دادن عدم درستی (صحت و دقت) به کاربرده می شود که میتواند با نتایج تجزیه و تحلیل مرتبط باشد. در زمینه میکروبیولوژی کمی، عدم قطعیت اندازه گیری بیانگر درجه اطمینانی است که میتوان در آزمایشگاه برای محاسبه تعداد میکروارگانیسمهای موجود در غذا و/یا سایر مواد، مورد استفاده قرار داد.

بر اساس الزامات استاندارد 17025، آزمایشگاه ها باید عوامل سهیم بر عدم قطعیت اندازه گیری را شناسایی کنند. هنگام ارزیابی عدم قطعیت اندازه گیری، همه عوامل مهم از جمله موارد ناشی از نمونه برداری باید با بکارگیری روش های تجزیه وتحلیل مناسب در نظر گرفته شوند.

در مورد تجزیه و تحلیل میکروبیولوژیکی نمونه های حاصل از زنجیره غذایی، ساخت یک مدل اندازه گیری جامع کمی امکان پذیر نیست، زیرا امکان کمی کردن دقیق سهم هر کمیت ورودی به د لایل زیر وجود ندارد




- آنالیت، موجود زنده ای است که وضعیت فیزیولوژیکی آن میتواند تا حد زیادی متغیر باشد؛

- هدف تحلیلی شامل سویه های مختلف، گونه های مختلف یا جنس های مختلف است ؛

- تعیین کمی بسیاری از کمیت های ورودی، اگر غیرممکن نباشد، دشوار است (برای مثال : وضعیت فیزیولوژیکی)

- برای بسیاری از مقادیر ورودی (برای مثال : دما، فعالیت آبی) تأثیر آنها بر کمیت اندازه گیری را نمی توان به طور کمی با دقت کافی توصیف کرد

به دلایلی که ذکر شد غالبا از رویکرد بالا به پایین یا فرگیر برای تخمین عدم قطعیت اندازه گیری استفاده می شود.