مدیریت فرایند و معماری سازمانی همپوشانی های زیادی با هم دارند، منتها بارها مشاهده شده است که سازمان ها در خصوص تقدم و تاخر این دو نوع پروژه نسبت به یکدیگر دارای ابهاماتی هستند.  

از سوی به دلیل طولانی بودن زمان پروژه­های معماری سازمانی اینگونه پروژه­ها دچار ریسک می­شوند. به دلایل مختلف از جمله عمر کوتاه مدیریتی، بی‌حوصله بودن سازمان­ها و تمرکز بر روی کارهای زودبازده و مواردی از این دست که در کشور ما پر رنگ­تر نیز می­باشد، ریسک پروژه­های معماری دو چندان خواهد بود. ولی در بسیاری از کشورها معمولاً معماری سازمانی کوتاه‌تر و سریعتر انجام می‌شود.  

زیرا لایه کسب‌وکار در معماری سازمانی که از لایه فناوری اطلاعات زمان‌برتر است در واقع تقریباً همان مدیریت فرایند است. یعنی سازمانی که قبلاً اقدام به استقرار مدیریت فرایند نموده است، در طراحی و استقرار معماری سازمانی بخش قابل توجهی از راه را رفته است. به عبارت دیگر به راحتی می‌توان از خروجی های مدیریت فرایند در معماری سازمانی بهره جست.

از سوی دیگر چنانچه سازمان مدیریت فرایند را مستقر نکرده باشد و به سراغ معماری سازمانی برود، می توان با اعمال تغییرات نه چندان زیادی، از خروجی های لایه کسب‌وکار معماری سازمانی برای استقرار مدیریت فرایند هم استفاده کرد.