یکی از بهترین روش های بررسی سیستم های مقیاس نانو، شبیه سازی دینامیک مولکولی است. با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی سیستم های زیستی مثل ساختار های DNA، پروتئین غشایی، کانال های پروتئینی و... را می توان شبیه سازی کرد. علاوه بر این، به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی می توان سیستم های غیر زیستی چون ساختار نانوذرات، شبکه های فلزی، سیستم های تصفیه آب و خواص مکانیکی مواد مختلف را بررسی نمود.

یکی از کاربردی‌ترین سیستم هایی که به روش دینامیک مولکولی می توان شبیه سازی کرد، سیستم لیگاند-پروتئین است. از بارزترین مثال های سیستم لیگاند-پروتئین، بررسی کیفیت داروهای پیشنهادی برای مهار ویروس ها است. این روزها پروژه های تحقیقاتی زیادی درباره بررسی پیوند داروهای مختلف با پروتئین های کلیدی ویروس کوید-19 تعریف شده است! یک لیگاند مناسب با پروتئین ویروس پیوند قوی برقرار می کند و به این وسیله در عملکرد پروتئین کلیدی، اختلال ایجاد می کند.

ما در این دوره آموزشی ابتدا مقدمه ای بر مبانی شبیه سازی دینامیک مولکولی خواهیم داشت. پس از آشنایی شما با مبانی اولیه شبیه سازی، نرم افزارهای NAMD و VMD را برای انجام شبیه سازی معرفی و آموزش می دهیم. مثالی که در این دوره با استفاده از این نرم افزارها شبیه سازی می کنیم، دینامیک حرکت لیگاند درون پروتئین مربوط به یک نوع ویروس است. در مرحله آخر با هم داده های شبیه سازی را استخراج می کنیم و با تحلیل این داده ها به این سوال پاسخ می دهیم که آیا این لیگاند برای مهار پروتئینِ ویروس مناسب هست یا نه؟! اگر چه در این دوره باهم سیستم لیگاند-پروتئین را بررسی می کنیم اما پس از گذراندن این دوره  شما قادر خواهید بود دیگر سیستم های زیستی را نیز شبیه سازی نمایید.