پرایمر، یک مولکول کوچک تک-رشته‌ای از جنس DNA است که در واکنش PCR شرکت می‌کند و سر 3' هیدروکسیل آزاد را در اختیار «آنزیم Taq پلیمراز» قرار می‌دهد. می‌دانیم که در ژنوم موجودات پیچیده‌ای مانند انسان، در هر ناحیه، تنها یکی از دو رشته DNA به عنوان ژن فعال، عمل می‌کند. معمولا هدف از انجام PCR، تکثیر این ناحیه است و به آن «ناحیه هدف» (Target Region) می‌گوییم. برای این کار به دو پرایمر نیاز است که یکی به رشته هدف و دیگری به رشته مکمل آن متصل می‌شود.

معمولا اختصاصیت یک پرایمر با تغییر در طول این مولکول، تنظیم می‌شود که به نوبه خود، منجر به تغییر دمای مرحله آنیلینیگ خواهد شد. در بیشتر موارد، پرایمرهایی به طول 18 تا 24 نوکلئوتید، از اختصاصیت بالایی برخوردارند و در این بازه، افزایش هر نوکلئوتید، موجب تقویت ۴ برابری اختصاصیت پرایمر می‌شود. کاهش طول این رشته‌ها به شدت بر توانایی اتصال اختصاصی آن‌ها اثرگذار خواهد بود، به طور‌یکه پرایمرهایی با طول کمتر از 15 نوکلئوتید،‌ عملا به هر نقطه از ژنوم متصل می‌شوند.

هرچند این ویژگی، موجب ناکارامدی آن‌ها در PCRهای رایج می‌شود، اما همین اتصال تصادفی، زمینه را برای مصرف آن‌ها در واکنش‌های خاص، مانند «PCR با پرایمرهای دلبخواهی» (Arbitrary PCR) فراهم می‌کند. این واکنش در تهیه نقشه ژنومی موجودات ساده به کار می‌رود.

امروزه، نرم‌افزارهای گوناگونی برای طراحی پرایمر، در دسترس هستند که استفاده از آن‌ها می‌تواند موجب کاهش چشمگیری در وقت،‌ هزینه و نیروی انسانی شود. نکته قابل توجه در مورد کار با این نرم افزارها، اختلاف در نتیجه خروجی آن‌ها است. این امر، به ویژه برای پژوهشگران کم‌تجربه‌تر، ممکن است تا حدی گیج‌کننده باشد.

توجه داشته باشید که این اختلاف،‌ در بیشتر موارد، ناشی از الگوریتمی است که این برنامه‌ها با آن کار می‌کنند و گاهی، با تغییر برخی از پیش‌فرض‌های برنامه، به نتایج یکسانی دست خواهید یافت. چند مورد از نرم‌افزارهای پرکاربرد در زمینه طراحی پرایمر در ادامه آورده شده‌اند.

منبع: https://blog.faradars.org

برای آگاهی از آخرین خبرها و فرصت های پژوهشی ما را در شبکه های اجتماعی دنبال نمایید:

:Website

https://medcert.ir

:Instagram & Telegram ID

caspianmedfuture@