موضوعات
سبد خرید (0)
وبینار شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار NAMD

وبینار شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار NAMD

وبینار شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار NAMD

افزودن به تقویم
ذخیره کردن
وبینار شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار NAMD
بلیت‌های وبینار
فیلم قابل دانلود
تومان
ثبت نام زود هنگام
فعال از 11 مرداد تا 25 مرداد ― ( ویدئو ندارد )
ندارد
خرید بلیت شبیه سازی دینامیک مولکولی
فعال از 25 مرداد تا 11 شهریور ― ( ویدئو ندارد )
ندارد
توضیحات وبینار

یکی از بهترین روش های بررسی سیستم های مقیاس نانو، شبیه سازی دینامیک مولکولی است. با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی سیستم های زیستی مثل ساختار های DNA، پروتئین غشایی، کانال های پروتئینی و... را می توان شبیه سازی کرد. علاوه بر این، به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی می توان سیستم های غیر زیستی چون ساختار نانوذرات، شبکه های فلزی، سیستم های تصفیه آب و خواص مکانیکی مواد مختلف را بررسی نمود.

یکی از کاربردی‌ترین سیستم هایی که به روش دینامیک مولکولی می توان شبیه سازی کرد، سیستم لیگاند-پروتئین است. از بارزترین مثال های سیستم لیگاند-پروتئین، بررسی کیفیت داروهای پیشنهادی برای مهار ویروس ها است. این روزها پروژه های تحقیقاتی زیادی درباره بررسی پیوند داروهای مختلف با پروتئین های کلیدی ویروس کوید-19 تعریف شده است! یک لیگاند مناسب با پروتئین ویروس پیوند قوی برقرار می کند و به این وسیله در عملکرد پروتئین کلیدی، اختلال ایجاد می کند.

ما در این دوره آموزشی ابتدا مقدمه ای بر مبانی شبیه سازی دینامیک مولکولی خواهیم داشت. پس از آشنایی شما با مبانی اولیه شبیه سازی، نرم افزارهای NAMD و VMD را برای انجام شبیه سازی معرفی و آموزش می دهیم. مثالی که در این دوره با استفاده از این نرم افزارها شبیه سازی می کنیم، دینامیک حرکت لیگاند درون پروتئین مربوط به یک نوع ویروس است. در مرحله آخر با هم داده های شبیه سازی را استخراج می کنیم و با تحلیل این داده ها به این سوال پاسخ می دهیم که آیا این لیگاند برای مهار پروتئینِ ویروس مناسب هست یا نه؟! اگر چه در این دوره باهم سیستم لیگاند-پروتئین را بررسی می کنیم اما پس از گذراندن این دوره  شما قادر خواهید بود دیگر سیستم های زیستی را نیز شبیه سازی نمایید.

سرفصل‌های وبینار
  1. مبانی شبیه سازی دینامیک مولکولی
  2. طراحی سیستم شبیه سازی با VMD
  3. آموزش انجام شبیه سازی با NAMD
  4. آموزش استخراج داده های خروجی و نحوه تحلیل داده ها
مخاطبین
  1. دانشجویان علاقمند به شبیه سازیِ سیستم های مقیاس نانو
  2. دانشجویان دارای موضوع پایان نامه در حوزه ی شبیه سازی دینامیک مولکولی
  3. پژوهشگرانی که قصد دارند، با استفاده شبیه سازی سیستم های زیستی مقیاس نانو اقدام به چاپ مقالات علمی کنند.
  4. با توجه به اینکه شبیه سازی دینامیک مولکولی کاربرد وسیعی در حوزه های مختلف دارد، این دوره آموزشی می تواند برای دانشجویان رشته های مختلف اعم از فیزیک، شیمی، نانوتکنولوژی، بیوتکنولوژی، مواد و مکانیک که در حوزه شبیه سازی فعالیت دارند، مناسب باشد.
سوالات متداول

کاربرد روش شبیه سازی دینامیک مولکولی چیست؟

با استفاده از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی شما می توانید سیستم زیستی نظیر انواع پروتئین ها، DNA، غشاها و ترکیبات دارویی را شبیه سازی و تحلیل کنید. علاوه بر سیستم های زیستی با استفاده روش دینامیک مولکولی می توان سیستم های غیر زیستی نظیر ساختارهای تصفیه آب، خواص مکانیکی مواد، بررسی مواد دو بعدی جدید و... را شبیه سازی نمود.

در این دوره چه نرم افزار هایی برای شبیه سازی آموزش داده خواهد شد؟

برای طراحی سیستم شبیه سازی، شما کار با نرم افزار VMD را یاد خواهید گرفت. همچنین به منظور شبیه سازی و بررسی تحول سیستم نرم افزار NAMD آموزش داده می شود. در نهایت یاد می گیریم که چه طور داده های شبیه سازی را به نرم افزار Excel ببریم و از میان انبوهی از داده ها، داده ی مورد نظرمان را استخراج کنیم.

پیش نیازهای این دوره آموزشی چیست؟

دوستانی که با مبانی شبیه سازی دینامیک مولکولی آشنایی ندارید، نگران نباشید! ما در این دوره ابتدا با اصول شبیه سازی دینامیک مولکولی آشنا می شویم و بعد از آن یادگیری نرم افزار را شروع می کنیم. پس این دوره آموزشی، صرفا بر آموزش نرم افزار تکیه نمی کند و به شما مبانی اولیه شبیه سازی را آموزش می دهد.

در این دوره آموزشی چه سیستمی شبیه سازی خواهد شد؟

در این دوره برهمکنش لیگاند را با یک نوع پروتئینِ مربوط به ویروس بررسی خواهیم کرد. با توجه به شیوع گسترده ویروس کرونا، شبیه سازی این سیستم اخیرا خیلی مورد توجه جامع علمی قرار گرفته است.

آیا با گذراندن این دوره، می توانم سیستم مد نظرم را شبیه سازی کنم؟

اگر چه در این دوره شبیه سازی سیستم پروتئین-لیگاند را به عنوان نمونه با هم دنبال می کنیم، اما روش هایی که در این دوره آموزش داده می شود، به شما توانایی بررسی سیستم های زیستی دیگر را نیز می دهد.

مهران واعظی
مهران واعظی

مسئول بخش نانوتکنولوژی دایا زیست فناوران

جلسات وبینار زمان برگزاری
جلسه اول
11 شهریور 1399
ساعت 17:00
ساعت 19:00
جلسه دوم
12 شهریور 1399
ساعت 17:00
ساعت 19:00
Host Cover
برگزارکننده: دایا زیست فناوران
گزارش دادن
انتخاب بلیت